Talk:Benefit-risk assessment of Baltic herring and salmon intake

From Testiwiki
Jump to: navigation, search

Needs and updates 8.6.2017

Goherr: Fish consumption study

  • Amountissa on 2x liikaa olisiko assumpUnit ongelmana. Siellä kirjoitusvirhe: AssumpUnit -> assumpUnit. ←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

Benefit-risk assessment of Baltic herring and salmon intake

  • Ihd erf muutettava relative hill:ksi. RR ei voi mennä lähelle nollaa. BRA-annosvastetaulukkoon CHD2 mortality ja Relative Hill. ←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
    • Ihd af on järjetön ilmeisesti RR:stä johtuen. Tarkista kun annosvaste on korjattu.
  • D vit on mg eikä ug vaikka erf on ug. Korjaa conciin /100 -> *(1000/100)←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC) ⇤# : Tämä muuttaa mysö Omega3 pitoisuudet ug:ksi vaikka ne pitäisi säilyä mg --Arja (talk) 06:17, 14 June 2017 (UTC)
  • Exposure kuva alkakoon 1e-2 koodissa BRA/←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
  • Tarkasta missä responsien nimiä käytetään ettei tule mismatch.
  • Tee ERFs of interst-taulukkoon uusi sarake Resp jossa käyttönimet. Laskennassa kuitenkin käytetään Responsea paitsi BoDt ja disabilityweight (taulukko DALYs of responses), joissa muunnettava nimet joka tapauksessa.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
  • Muuta tooth defect käyttämään ensimmäistä vastetta.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
  • Onko tooth defect todennäköisyys, oletusarvo vai vasteen vakavuus? Pitää olla täsmällinen.
    • Tooth defectejä luokkaa 100000. Mistä näin paljon?
    • Tooth defect sisältää infiä ja na ta
  • Breast feeding ei näy dose-kuvassa. Pitää piirtää eri kuvaan ja selittää Exposure kummankin kuvan otsikossa.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
  • Casesabs kuva katsoo vain itereitä eli yhtä maa/sukupuoli/ikäryhmää yhtenä yksikkönä. Niinpä määrätkin ovat vain tälle alaryhmälle ja summautuvat maksimissaan kahteen miljoonaan. Eivät siksi ole mielekkäitä ellei eritellä tarkasti mitä ryhmää katsotaan.
  • Miksi D-vitamiinisuositus on nolla kaikilla joilla ei ole backgroundia? Senhän pitäisi tuottaa 1 jos alittaa suosituksen ja ilman backgroundia näin käy monelle.
  • Miten change in child iq voi koskettaa niin monia? Sitä ei ole rajoitettu lapsiin. Vaikutustahan ei pitäisi tulla niissä iteraatioissa joissa ei ole nuori nainen. Tämä vaatii useampaa korjaamista:
    • exposuressa tehdään sarakkeeseen Exposure "To child" dx.expo.childin riveille ja NA expoRaw:n riveille.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
    • frexposed luotaessa säilytetään Iter, jotta rivit säilyvät vaikka non-marginaalit häviäisivät. Tällöin esim. dosea ja amountia ei tarvitse välillä kertoa infolla. Exposure-sarakkeessa ehtona "To child".←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
    • ERF:ssä pitää ne Exposuret jotka liittyvät lapseen korvataan "To child" mutta muita ei tarvitse muuttaa. Sama thresholdissa.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

Exposure-response function

    • Exposure_unit ei ole marginaali, joten muutetaan määrittelyä. ←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

Health impact assessment and Burden of disease

  • AF laskenta on väärin jos rr<1. Korjaa koodi olioihin BoDpaf ja casesrr.
  • HIA laskennassa pitäisi preferoida aina taustatautitaakan käyttö, jos se vain on saatavilla.

ERF of omega-3 fatty acids and ERF of methylmercury

  • Childs iq. Mitä tämä tarkasti tarkoittaa? Äo pistettä vai tapausta? Pistettä kai.
    • Erf pitäisikö olla + aina haittaa ja - aina hyötyä? Eli äo muutos onkin menetys. Korjaa termi ja etumerkki.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

ERF of dioxin

  • TEQ ERF rivit 1 ja 2 ovat oikeasti samassa yksikössä mutta taulukossa lukee eri. Käytä mieluummin jälkimmäistä.←# : ok --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

Disease risk

  • BoDt-ovariablen Response muutetaan Resp:ksi ja vastaamaan BRA:n lokaatioita.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)


Vanhempia havaintoja ongelmista (tarkista että kaikki kunnossa nyt):

  • Frexposed country puuttuu ok
  • A c g puuttuvat dosesta mutta ei dose2. Ok
  • Casesrr on c muttei muita ja sekin marginal.
  • Casesabs cag on mutta c marginal
  • Bodpaf c on marginal ok
  • Bidcsse c on marginal. Samoin bod ok
  • Bodcase abs on nelinkertainen rr on vajausta. Ok
  • Bodt iteroituu 1000. Pitää muuttaa openv N. Ok
  • Funktio joka käy läpi dependencyt ja kirjaa uudet ja tiopuvat indeksit sekä tippuvat lokaatiot. Sources ja prevresults true näyttää myös ne mutta oletuksena on false. OK
    • Onko tärkeää näyttää se mistä ovariablesta indeksit tulivaat? Ei kai jos jokaisesta näytetään mitä on. Paramsetrit drops ja news ja currenta näyttävä tippuvat uudet ja nykyiset indeksit. Oletuksena true. OK
    • Currentcols sarakkeeseen lokaatiot jos ne ovat muuttuneet mutta muuten ei vaan tieto löytyy loctablesista.
  • RR$Age täytyy tarkistaa. Voiko sen poistaa rr n sisällä? Tai voiko sen olla tekemättä ja toteuttaa fiksummin? Ok

Model bug fixes 30.8.-7.9.2017

  • Op_en7805/mc2d Mitä tämä sisältää? Funktion mc2d joka 1) arpoo yksilötason datasta havaintoja, 2) yhdistää ne annetulla funktiolla 3) siten että alkuperäinen Iter korvautuu väestötason Iterillä.
  • mc2d-lista on seuraavien ovariablejen dependency: RR, casesabs. Miksi? Koska niistä eteenpäin oliot ovat populaatiokohtaisia.
  • Ovatko pitoisuuksien yksiköt oikein? ←# : Done --Jouni (talk) 11:22, 6 September 2017 (UTC)
    • Omega3 herring on 9990 ja sen pitäisi olla noin 1 % joten yksikkö näyttää olevan ug/g. ERF tarvitsee annoksen mg eli koska kerrotaan syöntigrammoilla, tämä pitäisi jakaa tuhannella.
    • PCB ja PCDDF herring ovat 1.5 ja 2.8 ja näiden pitäisi olla noin 1-2 pg/g. ERF tarvitsee pg eli ovat oikein.
    • Vitamin D herring on 0.16 ja pitäisi olla luokkaa 0.1 ug/g eli on oikein. Myös ERF tarvitsee ug.
    • conc_vit-arvot ovat kymmenesosa eli 0.015 (d-vitamiini) ja 998 (omega3) koska ne ovat mg/100 g.
    • Korjaa siis conc@formula:an rivi conc_vit <- conc_vit / 100 ; result(conc_vit)[conc_vit$Exposure_agent == "D-vitamin"] <- result(conc_vit)[conc_vit$Exposure_agent == "D_vitamin"] * 1000 # From /100g to /g and D_vitamin from mg to ug
  • conc: lisää metaan eri altisteiden yksiköt. ←# : Done. --Jouni (talk) 13:30, 7 September 2017 (UTC)
  • casesabs: ←# : Done --Jouni (talk) 11:22, 6 September 2017 (UTC)
    • DHA- ja omega-tulokset vääristyneet pitoisuusvirheen takia. Vaikuttaa vasteisiin Child's IQ, Heart(CHD), Stroke. Kaksi jälkimmäistä leikkautuvat pois koska perustuvat RR:ään.
    • Lineaarisessa vasteessa on virhe. Pitää olla: out <- (threshold + temp * ERF * frexposed) * population. Tämä koskee Child's IQ, Cancer, Tooth defect. jotka muuttuvat paljon järkevämmiksi nyt.
    • pitää summata pois myös altistukseen liittyvät sarakkeet, koska ne voivat erotella erilaiset altisteet, vaikka nyt ne pitää yhdistää. Korjattava siis out <- oapply(out, NULL, sum, c("Exposure_agent", "Exposure", "ER_function", "Scaling"))
  • Tämä non-marginal-juttu on selitettävä arviointisivulla.
  • Miksi RR on pienempi Heart (CHD):lle jos Exposcen on No exposure kuin BAU? Sama Strokelle? Tämä menee väärin päin. Syy ei ole virhe dosessa, jossa bgexposure koskee VAIN No exposure -ryhmää mutta ei BAU-ryhmää; tämä johtuu siitä, että BAU-ryhmässä on jo Background mukana periytyneenä expoRaw:sta. Sen sijaan expoRaw'ssa on virhe, koska Background-sarake periytyy infosta eikä sisällä mitään tietoa ja dependenciesissä on addexposure eikä bgexposure. Pitää siis korjata dependencies ja lisätä bgexposure formulaan ←# : Done. --Jouni (talk) 13:30, 7 September 2017 (UTC)
  • casesabs Tooth defect 1.5 M! Miksi? Koska ERF skaalataan log10, ja tämän takia dose on -3.8. Sen sijaan No exposure on -6 eli pienelläkin altistuksella tulee altistusta 2.2 ja tämä kerrottuna ERF:llä (0.25) tuottaa vaikutusta 0.55 per lapsi. ERF on siis mietittävä uusiksi ja katsottava esim Silakka-mallista: siellä Response oli "Yes or no dental defect" eli Alaluusuan lineaarinen versio. Toisaalta saattaa korjaantua kun tuo yllä mainittu Background-virhe korjataan. ←# : Ei korjaantunut, otetaan lineaarinen versio käyttöön. --Jouni (talk) 13:38, 8 September 2017 (UTC)
  • incidence on vain dummy vakio 0.1, vaikka eri taudit tietysti esiintyvät kovin erilaisina määrina eri-ikäisissä, eri sukupuolilla ja eri maissa. Tämä pitäisi päivittää. --# : Ei ole kriittinen tässä, koska suositaan BoDT:hen perustuvia arvoja, mutta pitää muistaa että välivaiheen casesrr on väärin. --Jouni (talk) 13:38, 8 September 2017 (UTC)
  • BoD menee väärin, koska sieltä tippuvat BoDcasen vasteet pois. Ilmeisesti vika on koodissa, joka suosii BoDpafia. ←# : Done. --Jouni (talk) 13:38, 8 September 2017 (UTC)
  • Exposure=NA on ongelmallinen. Pitäisi muuttaa OpasnetUtilsiin järkevämpi tapa, vaikka "Any location" tarkoittaisi että mätsää kaikkien lokaatioiden kanssa.
Retrieved from "http://www.opasnet.org/testiwiki/index.php?title=Talk:Benefit-risk_assessment_of_Baltic_herring_and_salmon_intake&oldid=41329"