Difference between revisions of "Sandbox"

library(OpasnetBaseUtils)

pumps.model <- opasnet.data('c/cc/Test_bugs_model.txt')

library('rbugs')
data(pumps)
pumps.data <- list(t = pumps$t, x = pumps$x, N = nrow(pumps))
inits <- list(alpha = 1, beta = 1)
parameters <- c("theta", "alpha", "beta")
pumps.sim <- bugs.run(data = pumps.data, list(inits), parameters,pumps.model, n.chains = 1, n.iter = 1000)
## MCMC Analysis
library("coda")
pumps.mcmc <- as.mcmc(pumps.sim$chain1)
summary(pumps.mcmc)
effectiveSize(pumps.mcmc)
## End(Not run)

cat("Above should be included code\n")

library(OpasnetBaseUtils)
library(ggplot2)
library(xtable)

saanto.siemenet <- op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2633")[,-c(1,2,7)] # Jatropan siementen saanto viljelystä
saanto.öljy     <- op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2634")[,-c(1,2,5)] # Öljyn saanto jatropan siemenistä
saanto.diesel   <- op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2632")[,-c(1,2,5)] # Biodieselin saanto jatropaöljystä
viljelyala      <- op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2642")[,-c(1,2)] # Jatropan viljelyalueet
päästö.ilmasto  <- op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2547")[,-c(1,2)] # Jatropan viljelyn ilmastovaikutukset
päästö.sosiaali <- op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2552")[,-c(1,2)] # Jatropan viljelyn sosiaaliset vaikutukset
päästö.ekosyst  <- op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2548")[,-c(1,2)] # Jatropan viljelyn ekosysteemivaikutukset
P               <- op_baseGetData("opasnet_base", "Op_fi2539")[,-c(1,2,7)] # Jatropan käyttö bioenergian lähteenä

colnames(saanto.siemenet)[4] <- "siemenet"
colnames(saanto.öljy)[2] <- "öljy"
colnames(saanto.diesel)[2] <- "diesel"
saanto <- merge(saanto.siemenet, saanto.öljy)
saanto <- merge(saanto, saanto.diesel)
saanto[,9] <- saanto$siemenet * saanto$öljy * saanto$diesel * ala
colnames(saanto)[9] <- "saanto (kg/a)"

P <- PTable(P, n)
saanto <- merge(P, saanto)

if(length(divisions)>1) divisions <- as.list(saanto[, divisions]) else divisions <- saanto[, divisions]
out1 <- as.data.frame(as.table(tapply(saanto[, 10], divisions, mean))) 
out1 <- dropall(out1[!is.na(out1$Freq), ])

print(xtable(out1), type = 'html')

out2 <- as.data.frame(as.table(tapply(saanto[, 10], list(saanto[, divisions2], saanto$obs), mean))) 
out2 <- dropall(out2[!is.na(out2$Freq), ])
out2[1:10, ]
ggplot(out2, aes(x = Freq, weight = 1, fill = Var1)) +geom_density() 
## Jostain syystä vain osa kuvista piirtyy oikein, riippuen mitä parametreja valitaan. En ymmärrä syytä.

######################################
## dropall pudottaa data.framesta pois kaikki faktorien sellaiset levelit, joita ei käytetä.
## parametrit: x = data.frame 

dropall <- function(x){
    isFac <- NULL
    for (i in 1:dim(x)[2]){isFac[i] = is.factor(x[ , i])}

    for (i in 1:length(isFac)){
        x[, i] <- x[, i][ , drop = TRUE]
        }
    return(x)
    }
########################################

#########################################
## PTable muuntaa arvioinnin todennäköisyystaulun sopivaan muotoon arviointia varten.
## Parametrit: P = todennäköisyystaulu Opasnet-kannasta kaivettuna.
##             n = iteraatioiden lukumäärä Monte Carlossa
## Todennäköisyystaulun sarakkeiden on oltava: Muuttuja, Selite, Lokaatio, P
## Tuotteena on Monte Carloa varten tehty taulu, jonka sarakkeina ovat
## n (iteraatio) ja kaikki todennäköisyystaulussa olleet selitteet, joiden riveille on arvottu
## lokaatiot niiden todennäköisyyksien mukaisesti, jotka todennäköisyystaulussa oli annettu.

PTable <- function(P, n) {
Pt <- unique(P[,c("Muuttuja", "Selite")])
Pt <- data.frame(Muuttuja = rep(Pt$Muuttuja, n), Selite = rep(Pt$Selite, n), obs = rep(1:n, each = nrow(Pt)), P = runif(n*nrow(Pt), 0, 1))
for(i in 2:nrow(P)){P$Result[i] <- P$Result[i] + ifelse(P$Muuttuja[i] == P$Muuttuja[i-1] & P$Selite[i] == P$Selite[i-1], P$Result[i-1], 0)}
P <- merge(P, Pt)
P <- P[P$P <= P$Result, ]
Pt <- as.data.frame(as.table(tapply(P$Result, as.list(P[, c("Muuttuja", "Selite", "obs")]), min)))
colnames(Pt) <- c("Muuttuja", "Selite", "obs", "Result")
Pt <- Pt[!is.na(P$Result), ]
P <- merge(P, Pt)
P <- P[, !colnames(P) %in% c("Result", "P", "Muuttuja")]
P <- reshape(P, idvar = "obs", timevar = "Selite", v.names = "Lokaatio", direction = "wide")
colnames(P) <- ifelse(substr(colnames(P), 1, 9) == "Lokaatio.", substr(colnames(P), 10,30), colnames(P))
return(P)
}
######################################