Difference between revisions of "User:Sharp"

library(OpasnetUtils)

data <- opbase.data(id="op_en4004.kerty_database")
# Otetaan mukaan vain yksilömittaukset
hdata <- data[data$Yksilöitä < 2,]

# Jätetään datasta pois sukupuolet, määrät ja muut tarpeettomat? sarakkeet
hdata <- hdata[c(1,2,7,8,9,10,11,15,16,17,20,21)]

# Eliminoidaan käyttökelvoton data
hdata <- hdata[hdata$Märkäpaino != 0,]

# Analysoidaan vain lihaskudosta
hdata <- hdata[hdata$Näyteosa == "lihas",]

# Analysoidaan vain elohopeaa
hdata <- hdata[hdata$Suure == "Elohopea",]

# Tutkitaan koodausvaiheessa pienempää otosta
otos <- hdata #hdata[1:2000,]

# Muutetaan tulossarake numeroiksi ja...
otos$Tulos <- as.numeric(levels(otos$Tulos))[otos$Tulos]

# poistetaan sieltä ei-numeeriset vastaukset
otos <- otos[!is.na(otos$Tulos),]

# Käsitellään tässä vaiheessa vasta järvet, tarkennetaan myöhemmin
otos <- otos[otos$Järvi != "",]

# Poistetaan otoksen faktoreista tarpeettomat levelit
for (column in 1:ncol(otos)){
	if (is.factor(otos[,column])) {
		otos[,column] <- factor(otos[,column])
	}
}

# Luodaan vektorit kalojen nimiä ja keskipitoisuuksia varten
kala <- vector(length = length(levels(otos$Näytelaji)))
keskipitoisuus <- vector(length = length(levels(otos$Näytelaji)))
indeksi <- 0
# Silmukassa käydään laji kerrallaan kalat läpi ja otetaan niiden keskimääräinen elohopeapitoisuus talteen
for (laji in levels(otos$Näytelaji)) {
	indeksi <- indeksi + 1
	temp <- otos[otos$Näytelaji == laji,]
	kala[indeksi] <- laji
	keskipitoisuus[indeksi] <- mean(temp$Tulos)
}

# Luodaan vektoreista data.frame
kalaframe <- data.frame(kala, keskipitoisuus, stringsAsFactors = FALSE)


järvi <- vector(length = length(levels(otos$Järvi)))
keskipitoisuus <- vector(length = length(levels(otos$Järvi)))
indeksi <- 0
# Silmukassa käydään järvi kerrallaan järvet läpi ja otetaan niiden kalojen keskimääräinen elohopeapitoisuus talteen
for (vesistö in levels(otos$Järvi)) {
	indeksi <- indeksi + 1
	temp <- otos[otos$Järvi == vesistö,]
	järvi[indeksi] <- vesistö
	keskipitoisuus[indeksi] <- mean(temp$Tulos)
}

järviframe <- data.frame(järvi, keskipitoisuus, stringsAsFactors = FALSE)

# Lisätään dataframeihin koko suomeen suhteutettu pitoisuus
suht <- kalaframe$keskipitoisuus - mean(otos$Tulos)
suhtkala <- cbind(kalaframe, suht)

suht <- järviframe$keskipitoisuus - mean(otos$Tulos)
suhtjärvi <- cbind(järviframe, suht)

keskipitoisuus <- mean(otos$Tulos)

#Tässä kohti voisi uploadata asiat 
#Tähän kohti käyttöliittymä jolla tarkastaa asioita.


#järvi <- vector(length = 23*513)
#kala <- järvi
#pitoisuus <- järvi
#indeksi <- 0
#for (vesistö in järviframe$järvi){
#	for (laji in kalaframe$kala){
#		indeksi <- indeksi + 1
#		järvi[indeksi] <- vesistö
#		kala[indeksi] <- laji
#		keski <- mean(otos$Tulos) 
#		fisu <- suhtkala[suhtkala$kala == laji,]$suht
#		lampi <-  suhtjärvi[suhtjärvi$järvi == vesistö,]$suht
#		pitoisuus[indeksi] <-  keski + fisu + lampi
#	}
#}

#testiframe1 <- data.frame(järvi, kala, pitoisuus, stringsAsFactors = FALSE)


# Tämä pätkä tarkastaa mallin antaman tuloksen suhteutettuna koko suomeen,
# ja virhearvoksi saadaan -2.702283e-13. 
#summa <- 0
#keski <- mean(otos$Tulos) 
#for (vesistö in levels(otos$Järvi)){
#	for (laji in levels(otos$Näytelaji)){
#		temp <- otos[otos$Järvi == vesistö,]
#		temp <- temp[temp$Näytelaji == laji,]
#
#		temp2 <- testiframe1[testiframe1$järvi == vesistö,]
#		pitoisuus <- temp2[temp2$kala == laji,]$pitoisuus
#		
#		for (tulos in temp$Tulos){
#			summa <- summa + (tulos - pitoisuus)
#		}
#	}
#}

#summary(kalaframe)
#summary(järviframe)