Difference between revisions of "Talk:Benefit-risk assessment of Baltic herring and salmon intake"

Revision as of 11:22, 6 September 2017

Needs and updates 8.6.2017

Goherr: Fish consumption study

• Amountissa on 2x liikaa olisiko assumpUnit ongelmana. Siellä kirjoitusvirhe: AssumpUnit -> assumpUnit. ←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

Benefit-risk assessment of Baltic herring and salmon intake

• Ihd erf muutettava relative hill:ksi. RR ei voi mennä lähelle nollaa. BRA-annosvastetaulukkoon CHD2 mortality ja Relative Hill. ←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
  • Ihd af on järjetön ilmeisesti RR:stä johtuen. Tarkista kun annosvaste on korjattu.
• D vit on mg eikä ug vaikka erf on ug. Korjaa conciin /100 -> *(1000/100)←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC) ⇤# : Tämä muuttaa mysö Omega3 pitoisuudet ug:ksi vaikka ne pitäisi säilyä mg --Arja (talk) 06:17, 14 June 2017 (UTC)
• Exposure kuva alkakoon 1e-2 koodissa BRA/←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
• Tarkasta missä responsien nimiä käytetään ettei tule mismatch.
• Tee ERFs of interst-taulukkoon uusi sarake Resp jossa käyttönimet. Laskennassa kuitenkin käytetään Responsea paitsi BoDt ja disabilityweight (taulukko DALYs of responses), joissa muunnettava nimet joka tapauksessa.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
• Muuta tooth defect käyttämään ensimmäistä vastetta.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
• Onko tooth defect todennäköisyys, oletusarvo vai vasteen vakavuus? Pitää olla täsmällinen.
  • Tooth defectejä luokkaa 100000. Mistä näin paljon?
  • Tooth defect sisältää infiä ja na ta
• Breast feeding ei näy dose-kuvassa. Pitää piirtää eri kuvaan ja selittää Exposure kummankin kuvan otsikossa.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
• Casesabs kuva katsoo vain itereitä eli yhtä maa/sukupuoli/ikäryhmää yhtenä yksikkönä. Niinpä määrätkin ovat vain tälle alaryhmälle ja summautuvat maksimissaan kahteen miljoonaan. Eivät siksi ole mielekkäitä ellei eritellä tarkasti mitä ryhmää katsotaan.
• Miksi D-vitamiinisuositus on nolla kaikilla joilla ei ole backgroundia? Senhän pitäisi tuottaa 1 jos alittaa suosituksen ja ilman backgroundia näin käy monelle.
• Miten change in child iq voi koskettaa niin monia? Sitä ei ole rajoitettu lapsiin. Vaikutustahan ei pitäisi tulla niissä iteraatioissa joissa ei ole nuori nainen. Tämä vaatii useampaa korjaamista:
  • exposuressa tehdään sarakkeeseen Exposure "To child" dx.expo.childin riveille ja NA expoRaw:n riveille.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
  • frexposed luotaessa säilytetään Iter, jotta rivit säilyvät vaikka non-marginaalit häviäisivät. Tällöin esim. dosea ja amountia ei tarvitse välillä kertoa infolla. Exposure-sarakkeessa ehtona "To child".←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)
  • ERF:ssä pitää ne Exposuret jotka liittyvät lapseen korvataan "To child" mutta muita ei tarvitse muuttaa. Sama thresholdissa.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

Exposure-response function

• • Exposure_unit ei ole marginaali, joten muutetaan määrittelyä. ←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

Health impact assessment and Burden of disease

• AF laskenta on väärin jos rr<1. Korjaa koodi olioihin BoDpaf ja casesrr.
• HIA laskennassa pitäisi preferoida aina taustatautitaakan käyttö, jos se vain on saatavilla.

ERF of omega-3 fatty acids and ERF of methylmercury

• Childs iq. Mitä tämä tarkasti tarkoittaa? Äo pistettä vai tapausta? Pistettä kai.
  • Erf pitäisikö olla + aina haittaa ja - aina hyötyä? Eli äo muutos onkin menetys. Korjaa termi ja etumerkki.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

ERF of dioxin

• TEQ ERF rivit 1 ja 2 ovat oikeasti samassa yksikössä mutta taulukossa lukee eri. Käytä mieluummin jälkimmäistä.←# : ok --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

Disease risk

• BoDt-ovariablen Response muutetaan Resp:ksi ja vastaamaan BRA:n lokaatioita.←# : OK --Jouni (talk) 13:02, 8 June 2017 (UTC)

Vanhempia havaintoja ongelmista (tarkista että kaikki kunnossa nyt):

• Frexposed country puuttuu ok
• A c g puuttuvat dosesta mutta ei dose2. Ok
• Casesrr on c muttei muita ja sekin marginal.
• Casesabs cag on mutta c marginal
• Bodpaf c on marginal ok
• Bidcsse c on marginal. Samoin bod ok
• Bodcase abs on nelinkertainen rr on vajausta. Ok
• Bodt iteroituu 1000. Pitää muuttaa openv N. Ok
• Funktio joka käy läpi dependencyt ja kirjaa uudet ja tiopuvat indeksit sekä tippuvat lokaatiot. Sources ja prevresults true näyttää myös ne mutta oletuksena on false. OK
  • Onko tärkeää näyttää se mistä ovariablesta indeksit tulivaat? Ei kai jos jokaisesta näytetään mitä on. Paramsetrit drops ja news ja currenta näyttävä tippuvat uudet ja nykyiset indeksit. Oletuksena true. OK
  • Currentcols sarakkeeseen lokaatiot jos ne ovat muuttuneet mutta muuten ei vaan tieto löytyy loctablesista.
• RR$Age täytyy tarkistaa. Voiko sen poistaa rr n sisällä? Tai voiko sen olla tekemättä ja toteuttaa fiksummin? Ok

Model bug fixes 30.8.2017

• Op_en7805/mc2d Mitä tämä sisältää? Funktion mc2d joka 1) arpoo yksilötason datasta havaintoja, 2) yhdistää ne annetulla funktiolla 3) siten että alkuperäinen Iter korvautuu väestötason Iterillä.
• mc2d-lista on seuraavien ovariablejen dependency: RR, casesabs. Miksi? Koska niistä eteenpäin oliot ovat populaatiokohtaisia.
• Ovatko pitoisuuksien yksikät oikein? ←# : Done --Jouni (talk) 11:22, 6 September 2017 (UTC)
  • Omega3 herring on 9990 ja sen pitäisi olla noin 1 % joten yksikkö näyttää olevan ug/g. ERF tarvitsee annoksen mg eli koska kerrotaan syöntigrammoilla, tämä pitäisi jakaa tuhannella.
  • PCB ja PCDDF herring ovat 1.5 ja 2.8 ja näiden pitäisi olla noin 1-2 pg/g. ERF tarvitsee pg eli ovat oikein.
  • Vitamin D herring on 0.16 ja pitäisi olla luokkaa 0.1 ug/g eli on oikein. Myös ERF tarvitsee ug.
  • conc_vit-arvot ovat kymmenesosa eli 0.015 (d-vitamiini) ja 998 (omega3) koska ne ovat mg/100 g.
  • Korjaa siis conc@formula:an rivi conc_vit <- conc_vit / 100 ; result(conc_vit)[conc_vit$Exposure_agent == "D-vitamin"] <- result(conc_vit)[conc_vit$Exposure_agent == "D_vitamin"] * 1000 # From /100g to /g and D_vitamin from mg to ug
• conc: lisää metaan eri altisteiden yksiköt.
• casesabs: ←# : Done --Jouni (talk) 11:22, 6 September 2017 (UTC)
  • DHA- ja omega-tulokset vääristyneet pitoisuusvirheen takia. Vaikuttaa vasteisiin Child's IQ, Heart(CHD), Stroke. Kaksi jälkimmäistä leikkautuvat pois koska perustuva RR:ään.
  • Lineaarisessa vasteessa on virhe. Pitää olla: out <- (threshold + temp * ERF * frexposed) * population. Tämä koskee Child's IQ, Cancer, Tooth defect. jotka muuttuvat paljon järkevämmiksi nyt.
  • pitää summata pois myös altistukseen liittyvät sarakkeet, koska ne voivat erotella erilaiset altisteet, vaikka nyt ne pitää yhdistää. Korjattava siis out <- oapply(out, NULL, sum, c("Exposure_agent", "Exposure", "ER_function", "Scaling"))